Menyikapi munculnya berbagai golongan, kelompok, dan partai Islam sekarang ini, Pondok Pesantren Assalam tetap berdiri ditengah-tengah masyarakat, INDEPENDEN, tidak berafiliasi pada partai dan golongan manapun. Missi yang diemban adalah pendidikan, da’wah dan sosial kemasyarakatan, terutama mereka para dhu’afa’, fuqoro’ wal masakin, yang menjadi prioritas garapan utama.

Daerah binaan Assalam saat ini meliputi :

Da’i-da’i yang dikirim ke kampung-kampung dikoordinir oleh Bagian Koordinator Da’wah dan Sosial Kemasyarakatan. Bekerja sama dengan IRMA-IRMA di kampung serta santri-santri alumni Assalam yang sudah terjun ke masyarakat, membentuk Korps Da’i Muallaf Pedalaman. Untuk Kampung yang banyak muallafnya, dikirim da’i satu orang dan tinggal di daerah binaan, bergantian setiap satu bulan.

Untuk meningkatkan daya tahan mereka dalam berda’wah, dan evaluasi program, setiap tiga bulan sekali berkumpul di Pondok Pesantren Assalam. Dan setiap satu semester diadakan penyegaran, dengan mendatangkan team da’i/kristolog/mantan pendeta untuk mentraining, bekerja sama dengan lembaga-lembaga da’wah dan sponsor pendukung dana. Hal ini sudah menjadi adat dan kebiasaan Assalam dalam rangka menumbuh suburkan semangat da’wah yang tahan banting di lapangan. Tidak sedikit mereka yang akhirnya membina maghlighai rumah tangga dan bertempat tinggal di kampung binaannya semula, membentuk jaringan kominitas da’wah, yang dirintis melalui program da’i Pondok Pesantren Assalam.